Cel badania Badanie ma na celu kompleksową charakterystykę taksonomiczną oraz funkcjonalną mikroflory jelitowej na podstawie materiału kałowego. Dzięki identyfikacji bakterii, grzybów i pasożytów, a także prognozie ich potencjalnych szlaków metabolicznych, można ocenić stan równowagi mikrobiologicznej i jej wpływ na układ pokarmowy oraz nerwowy. Wskazania kliniczne Objawy gastro‑enterologiczne: biegunka, zaparcia, wzdęcia, bóle brzucha, niestrawność.
Stany związane z dysbiozą: alergie pokarmowe, nietolerancje, choroby zapalne jelit (np. choroba Crohna, wrzodziejące zapalenie jelita grubego). Zaburzenia neurorozwojowe: autyzm (ICD‑10: F84.0), ADHD (F90.0), PANS/PANDAS, spektrum zaburzeń rozwojowych, gdzie mikrobiota może modulować funkcje mózgu. Ryzyko powikłań metabolicznych: kamica nerkowa, otyłość, choroby sercowo‑naczyniowe, zaburzenia lipidowe.
Monitorowanie efektów interwencji: diety eliminacyjne, probiotykoterapia, antybiotykoterapia, suplementacja prebiotykami. Ocena potrzeb w kontekście terapii farmakologicznej – interakcje lek‑mikrobiota. Materiał biologiczny Próbka kału (minimum 2 g) pobierana w warunkach domowych lub w placówce medycznej. Należy używać sterylnego pojemnika z zamknięciem hermetycznym, unikać kontaktu z mydłem lub innymi detergentami.
Próbka powinna być przechowywana w temperaturze 2‑8 °C i dostarczona do laboratorium w ciągu 24 h od pobrania. Przygotowanie pacjenta Zaprzestać przyjmowania antybiotyków, probiotyków oraz prebiotyków co najmniej 14 dni przed pobraniem próbki. Unikać środków przeczyszczających, leków żółciowych oraz suplementów zawierających błonnik fermentowany w ciągu 48 h przed pobraniem. Nie spożywać posiłków ciężkostrawnych w dniu pobrania; zaleca się lekką dietę (np.
Metoda badania Analiza opiera się na sekwencjonowaniu wysokoprzepustowym (NGS) regionu V3‑V4 16S rRNA dla bakterii oraz ITS2 dla grzybów. Po wyizolowaniu DNA, fragmenty są amplifikowane, a następnie poddawane bibliotekom NGS na platformie Illumina MiSeq. Uzyskane odczyty są przetwarzane przy użyciu bioinformatycznego pipeline’u, obejmującego: Kontrolę jakości (usuwanie odczytów o niskiej jakości, chimery).
Klasyfikację taksonomiczną z bazą RefSeq, Greengenes (bakterie) oraz UNITE (grzyby). Prognozę funkcji metabolicznych przy pomocy algorytmu PICRUSt2, który przewiduje obecność genów enzymatycznych i szlaków metabolicznych. Dodatkowo, w ramach rozszerzonego panelu, można wykonać analizę genów oporności na antybiotyki (ARGs) oraz obecność wirusów bakteryjnych (bakteriofagi). Raporty Raport 1 – Taksonomia mikrobiomu Pełna lista bakterii, grzybów i pasożytów do poziomu gatunku.