Cel badania Analiza ma na celu wykrycie punktowych mutacji, delecji oraz insercji w genach KIT i PDGFRA, które są głównymi czynnikami napędzającymi rozwój i progresję guza przewodu pokarmowego (GIST). Obecność określonych wariantów genetycznych determinuje wrażliwość nowotworu na leki celowane, takie jak imatinib, sunitinib, regorafenib czy ripretinib. Wskazania kliniczne Potwierdzenie diagnozy GIST w oparciu o wyniki histopatologiczne i immunohistochemiczne.
Ustalenie profilu mutacji przed rozpoczęciem terapii inhibitorami KIT/PDGFRA. Ocena przyczyn progresji choroby lub nabytej oporności na leczenie. Wykrycie recydywy lub przerzutów przy kolejnych biopsjach. Rozważenie dalszych testów molekularnych w przypadkach GIST typu „wild‑type”. Materiał biologiczny Świeży lub zamrożony fragment guza – minimalna masa 20 mg. Próbka z formalinowo‑fiksowanej tkanki (FFPE) po odtworzeniu DNA, gdy świeży materiał jest niedostępny.
Alternatywnie: cytologia płynu (np. płyn z torbieli) zawierająca komórki nowotworowe. Przygotowanie pacjenta Nie wymaga specjalnych zaleceń przed pobraniem materiału. W przypadku biopsji należy zapewnić transport w temperaturze 4 °C i dostarczyć próbkę do laboratorium w ciągu 24 h. W przypadku materiału FFPE istotne jest, aby blok był świeży (nie starszy niż 6 miesięcy).
Metoda Badanie realizowane jest przy użyciu jednej z następujących technik: Sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) – pełne pokrycie wybranych eksonów (np. eksony 9, 11, 13, 17 w KIT; eksony 12, 18 w PDGFRA) z głębokością co najmniej 500×. Real‑time PCR z analizą restrykcyjnego fragmentu (PCR‑RFLP) – stosowane w laboratoriach o ograniczonych zasobach.
Procedura obejmuje izolację DNA, amplifikację docelowych regionów, przygotowanie bibliotek (NGS) lub reakcję PCR, a następnie bioinformatyczną analizę sekwencji w poszukiwaniu wariantów. Interpretacja wyników Mutacja wykryta – wskazuje na aktywującą zmianę w genie KIT lub PDGFRA. D816V w KIT, D842V w PDGFRA) wpływa na wybór leku oraz prognozę kliniczną. Brak mutacji – może oznaczać GIST typu „wild‑type” lub mutację poza zakresem testu.
W takim wypadku zaleca się rozszerzone badanie (np. Wynik nieokreślony – wymaga powtórzenia analizy lub uzyskania dodatkowego materiału. Znaczenie kliniczne Personalizacja terapii – dobór najskuteczniejszego inhibitora tyrozynokinazy w zależności od mutacji. Oszacowanie ryzyka nawrotu – niektóre mutacje (np. exon 11 KIT) wiążą się z wyższym ryzykiem progresji. Planowanie dalszych badań molekularnych w przypadkach oporności na pierwszą linię leczenia.